กรอบแนวทางการดำเนินงาน อพ. สธ. ในภาพรวมตามแผนแม่บท อพ. สธ. ระยะ 5 ปีที่ห้า (ตุลาคม พ.ศ. 2554-กันยายน พ.ศ.2559)

        เพื่อให้บรรลุวัตถุประสงค์ของ อพ.สธ. จึงได้กำหนดกรอบแนวทางการดำเนินงานตามกรอบแผนแม่บท อพ.สธ.  ในระยะ 5 ปีที่ห้า (ตุลาคม พ.ศ. 2554-กันยายน พ.ศ.2559) ในภาพรวม โดยยึดพระราชดำริและแนวทางที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พระราชทานไว้เป็นหลัก โดยดำเนินการต่อเนื่องจากระยะที่ผ่านมาดังนี้

1. เน้นและให้ความสำคัญกับการดำเนินงานวิชาการในทุกด้านเป็นหลัก โดยเฉพาะการดำเนินงานศึกษาทดลองวิจัยเพื่อการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์พันธุกรรมพืชที่ส่งผลและเกิดประโยชน์แก่ประชาชนชาวไทย

2. ให้ความสำคัญกับการพัฒนารวบรวมข้อมูลสารสนเทศในการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชให้เป็นมาตรฐานสากลและเกิดประโยชน์สูงสุด

3. เพิ่มประสิทธิภาพการดำเนินงานด้านการเรียนรู้ทรัพยากรและสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พันธุกรรมควบคู่กันไปกับการปรับปรุงและเพิ่มประสิทธิภาพการบริหารจัดการนด้านกระบวนการวางแผน การประสานดำเนินงาน การจัดสรรทรัพยากร โดยเฉพาะงบประมาณดำเนินงานและการติดตามผลการดำเนินงาน

4. ให้การดำเนินงานตามแผนแม่บท อพ. สธ. สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่  11 (พ.ศ. 2554 - พ.ศ. 2559) ได้แก่ ยุทธศาสตร์การพัฒนาคนสู่สังคมแห่งการเรียนรู้ตลอดชีวิตอย่างยั่งยืน ยุทธศาสตร์การดำเนินงานที่การสร้างความสมดุลและมั่นคงของอาหารและพลังงาน ยุทธศาสตร์การสร้างเศรษฐกิจที่มีเสถียรภาพบนฐานความรู้และยุทธศาสตร์การจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน อีกทั้งสอดคล้องกับยุทธศาสตร์การวิจัยทั้ง 5 ยุทธศาสตร์ฯ ของสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ (วช.) อันได้แก่ ยุทธศาสตร์การวิจัยการสร้างศักยภาพและความสามารถเพื่อการพัฒนาทางสังคม ยุทธศาสตร์การวิจัยการสร้างศักยภาพและความสามารถเพื่อการพัฒนาทางเศรษฐกิจ ยุทธศาสตร์การวิจัยการอนุรักเสริมสร้างและพัฒนาทุนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ยุทธศาสตร์การวิจัยการสร้างศักยภาพและความสามารถเพื่อการพัฒนานวัตกรรมและบุคลากรทางการวิจัย และ ยุทธศาสตร์การวิจัยการปฏิรูประบบวิจัยของประเทศเพื่อการบริหารจัดการความรู้ ผลงานวิจัย นวัตกรรม สิ่งประดิษฐ์ ทรัพยากร และภูมิปัญญาของประเทศ สู่การใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์และสาธารณะ ด้วยยุทธวิธีที่เหมาะสมที่เข้าถึงประชาชนและประชาสังคมอย่างแพร่หลาย

5. กรอบการดำเนินงานตามแผนแม่บท 3 กรอบ 8 กิจกรรม คือ กรอบการเรียนรู้ทรัพยากร กรอบการใช้ประโยชน์ และกรอบการสร้างจิตสำนึก